《三皇子萧烬》的故事发生在架空王朝大梁。大梁皇帝膝下三子,长子萧璃心机深沉,次子体弱多病,三子萧烬虽出身庶妃,却自幼习文练武,十四岁便独领北境边军,屡建奇功,是令敌军闻风丧胆的少年战神。然而,皇权之路从来都是刀尖上的行走——大皇子萧璃深知,萧烬的军功威望已对自己的储位构成最大威胁,于是在父皇寿宴上精心布下一盘大局,以伪造的书信与被收买的证人,将"暗通草原、意图谋反"的罪名强压在萧烬身上。
皇帝震怒,不顾萧烬的百般申辩,当众废去其皇子身份,褫夺兵符,驱逐出皇城,并下旨令各地府衙将其通缉。萧烬带着一身内伤、一腔冤屈,独自流亡,在几乎命绝于市井荒巷之时,遇见了民间医女苏颜。苏颜医术精湛,心思细腻,却出身平微,与权贵之争向来无涉。她并不因萧烬的落魄而轻视,也不因他的真实身份而惶恐,只以最质朴的方式护住了他的性命与最后一丝尊严。
在苏颜的照料下,萧烬养好旧伤,秘密联络昔日亲信,一步步重返北境大营。北境将士对萧烬忠心未改,见他归来,皆愿为其效命。萧烬以"北境战神"之名重整旗鼓,一战击溃草原来犯,令朝野震动。与此同时,他开始暗中搜集大皇子当年构陷自己的全部证据,苏颜以医者身份周旋于各方之间,屡屡在关键时刻以智谋化解危机,成为他最信赖的战友与心上人。
随着证据链逐渐完整,萧烬奉旨进京面圣。宫廷之内,大皇子施展最后的手段,太后也从中作梗,一时间局势险象环生。萧烬在刀光剑影中不退半步,当众呈上铁证,让所有参与构陷的人无处遁逃。父皇悔恨交加,重新认定萧烬的皇子身份,大皇子萧璃被废黜圈禁。萧烬选择不计旧怨,继续戍守北境,而苏颜也以爱人之名,陪伴在他身旁,共守那片辽阔疆土。